ビッグウォーと呼ばれる戦いで破壊された世界・ガイアース。そこはコントロールを失った殺人マシン・ビーストの徘徊する無法の荒野であった。ビッグウォーの生き残りである戦士ランディスに育てられた少年イタルはランディスの仇ビーストマスターを倒すべく旅立つ。旅の途中知り合ったウォーロイド・ザクソンと共にバンゴールの街に辿り着いたイタルは、そこで究極の戦士であるウォーロックに巡り会う。ウォーロックはバンゴールの街を守るべくビーストマスターと戦うが、かつての力を失っていたウォーロックは敗れ、自らの遺志をザクソンとイタルに託し、息絶える。イタルはザクソンと力を合わせ、見事ランディスの仇を討ち、バンゴールの英雄となるのであった。

地下から蘇った巨大な“カンプドラケン”を倒すため、メトロの街に立ち寄ったイタルとザクソン、サハリだが、このドラケンが守っていたのは“サクヤ”と名のる不思議な少女(エルフ)であることを知る。そして、謎の言葉｢ジークフリート｣のカギを握るそのサクヤが目覚めたとき、恐るべきプロジェクトが始動するのあった。一方、ビッグウォーをザクソンと共に戦った“バルバロッサ”が現れ、突然ザクソンに戦いを挑んできたのだが、すでにバルバロッサはビーストマスターを陰で操る“ジェネラル”の下僕と化していたのだった。またザクソンのメモリーを取り戻すべく、辺境の街“ボルガルド”に向かったイタルたちは、そこでビッグウォーのメモリーを持つ“ゾニアック”に出会った。そしてゾニアックはメモリーの全てをザクソンに託そうとする。だが、邪悪な『力』に支配されたバルバロッサのい圧倒的な攻撃の前に、ザクソンは戦いの術を失ってしまうのだった。果たしてイタルはバルバロッサを倒し、ザクソンのメモリーを取り戻すことが出来るのであろうか。

かつての大戦(ビッグウォー)で人類滅亡を画策したジェネラルが、今また、巨大移動要塞ジークフリートを擁して各都市に攻撃を開始した。ジェネラルに捕らえられたサクヤ(エルフ)は、強制的にジークフリートをコントロールする一部にされて、この巨大要塞のパワーを驚異的に増幅していた。一方、カシュアルの砂漠にいたイタルやザクソン、サハリとフェイクらの一行は、ビーストに襲われていた巨大交易船ワースパイトを救出し、これに乗船していた。ワースパイトのマスターはアヤトラという美しい女性のエルフであったが、戦いを好まぬ彼女は、ザクソンに対してある種の警戒心を抱くのであった。そしてジェネラルとの決戦を控えたある日、ザクソンはイタルに向かって自分の道を生きろと論した後、密かにワースパイトを出た。ビッグウォー以来の因縁の敵、ジェネラルと決着をつけるため、一人ジークフリートへと向かうのだった。さあイタルはどうする! サハリのイタルへの思いは伝わるのか！ フェイクやアヤトラ、サクヤらは、明日のガイアースに何を見るのか!やがて巨大武装船同士の壮絶な戦いが始まった！！