ときは戦国時代。先祖代々、ヒラ忍者の家に生まれた乱太郎は、一流の忍者になってほしいという両親の期待を胸に、忍術学園に入学。そこには堺の豪商の息子・しんべヱや、戦で親を亡くしながらもたくましく生きるきり丸がいた。忍術学園の生徒は忍者のたまご、『忍たま』と呼ばれる。忍術学園には、ナゾの天才忍者だった学園長をはじめ、ユニークな先生や上級生、ちょっと手ごわい「くの一教室」の女の子たちや忍犬ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！乱太郎たち三人組は、授業も試験も失敗ばかり、いつもなぜかロクでもないことになってしまう。立派な忍者になるには、まだまだ遠い道のりだけど、忍たまの毎日は、あかるく・たのしく・ゆかい、なのだ！