名家の美少女・華は、鬼太郎に、身辺で起こる怪事件について手紙で助けを求める。しかし、華の奇行を小馬鹿にする弟・京夜の目前で、華は女妖怪によって携帯の鏡面に吸い込まれ、姿を消してしまう。同時に京夜と担任のマヤ先生以外、華のことを覚えている者はいなくなっていた。 マヤ先生から華の消息を依頼されたねずみ男の手配で、鬼太郎たちもマヤ先生と会うが、何と巨大妖怪・鏡爺が現れ、鬼太郎たち全員が鏡の魔力に吸い込まれてしまう。ネコ娘らは全国各地に放り出されるが、鬼太郎だけは鏡の世界で目を覚まし、目玉おやじや武器をとりあげられてしまう。無力な姿になった鬼太郎は、鏡の世界で透明になってしまった華とようやく対面する。 そこへ、ねずみ男とマヤ先生が手伝って、鏡爺と対決し見事鏡爺を封印する鬼太郎。そして透明化から華を助けるが、弱い霊力のまま鏡の中にいたせいで今度は鬼太郎が半透明化に。今度は華が弱った鬼太郎を背負い、妖怪横丁へ向かう。そして、砂かけ婆の処置により、鬼太郎は何とか元の姿に戻る。 地方にいたネコ娘は、この一件を電話で聞き、鬼太郎と華が仲良くすることが気が気でならず、全力疾走で全国を駆け抜ける。しかし、どこまで行っても妖怪横丁へつながらない。どうも人間世界と妖怪世界とのバランスが崩れているらしい。そこへ、日本各地から見上げられる程巨大な竜の尾が出現。それは、遥か太古に閻魔大王が封印したはずのヤトノカミが甦ろうとしていたのだった。鬼太郎たちは、ヤトノカミから日本を救えるのか!?家に帰るも母から存在を忘れられ、失意に悲しむ華。鬼太郎は彼女に笑顔をとり戻せるのか!?